L’isthme de Panama est situé à la jonction de trois plaques tectoniques : la plaque sud-américaine, la plaque de Cocos et la plaque de Nazca. Pour comprendre sa formation, il faut faire un bond dans le temps de plusieurs millions d’années, à l’époque où l’Amérique du nord et l’Amérique du sud étaient séparées par la mer d’Amérique centrale. L’isthme est né d’un phénomène de glissement, celui de la plaque Pacifique sous les plaques Caraïbes et Amérique du Sud, il y a plus de 70 millions d’années. Une subduction qui a entraîné la formation d’un arc volcanique à l’arrière de la plaque Caraïbes, conduisant à la formation d’îles il y a 15 millions d’années.